در سال 2000، زمانی که سطح حوادث Labor در اطراف خلیج توکیو شروع به افزایش می‌کند، کارآگاهان پلیس کاسومی و هاتا به تحقیق منصوب می‌شوند. آنچه که آنها کشف می‌کنند منجر به یک سری پوشش‌های دولتی، توطئه‌ای در مورد یک سلاح بیولوژیکی جدید به نام WXIII-Wasted Thirteen و یک ارتباط شخصی غم‌انگیز با هاتا می‌شود. تنها امید برای متوقف کردن این تهدید، همکاری با ارتش و هدایت WXIII به یک رویارویی با Laborهای بخش وسایل ویژه 2 است.