این فیلم بر روی آسو نا، دختر جوانی تمرکز دارد که روزهای تنهایی خود را به گوش دادن به موسیقی مرموزی که از رادیوی کریستالی که از پدر مرحومش به یادگار گرفته است، می‌گذرانید. یک روز در حین بازگشت به خانه، مورد حمله یک هیولای ترسناک قرار می‌گیرد و توسط پسری مرموز به نام شون نجات می‌یابد. با این حال، شون ناپدید می‌شود و آسو نا به همراه معلمش آقای موریساکی به سفری ماجراجویانه به سرزمین آگارتا می‌رود تا دوباره شون را ملاقات کند. در طول سفرش، او با بی‌رحمی و زیبایی جهان و همچنین مفهوم از دست دادن آشنا می‌شود.